諏訪神社 すわじんじゃ 長崎県長崎市上西山町18-15 1.6k 国幣中社 別表神社 全国東照宮めぐり 鎮西大社諏訪神社（ちんぜいたいしゃすわじんじゃ）は、長崎県長崎市にある神社。現在の正式名称は諏訪神社であり、鎮西大社は通称。地元では「お諏訪さま」、「おすわさん」と呼ばれる。10月7日〜9日の例祭は長崎くんちとして有名である。
山王神社 さんのうじんじゃ 長崎県長崎市坂本2丁目5-6 321 県社 山王神社（さんのうじんじゃ）は、長崎県長崎市坂本に鎮座する神社。村社であった山王神社（日吉神社）と県社の皇大神宮（こうたいじんぐう）とが合併（皇大神宮側に合祀）して創祀された神社で、浦上皇大神宮（うらかみこうたいじんぐう）とも称され、また山王日吉神社（さんのうひよしじんじゃ）とも呼ばれる。長崎市への原子爆弾投下において鎮座地が爆心地から約800メートルの地点に位置した為に被爆し、その跡を残す一本柱鳥居や、熱線により裸同然となりながらも豊かな緑を取り戻した楠で有名。
淵神社 ふちじんじゃ 長崎県長崎市渕町8番1号 176 県社 淵神社（ふちじんじゃ）は、長崎県長崎市淵町にある神社である。旧社格は県社。長崎市街地の西側、稲佐山の山麓にあり、神社に隣接する長崎ロープウェイ淵神社駅から山上へ向かうロープウェーが運行されている。
厳原八幡宮神社 いづはらはちまんぐうじんじゃ 長崎県対馬市厳原町中村字清水山645-1 167 名神論社 県社 諸国一宮 厳原八幡宮神社（いづはらはちまんぐうじんじゃ）は、長崎県対馬市厳原町中村にある神社。式内社（名神大社）論社、対馬国一宮論社で、旧社格は県社。正式な社名は八幡宮神社で、単に厳原八幡宮とも呼ばれる。旧社格は県社。
月讀神社 つきよみじんじゃ 長崎県壱岐市芦辺町国分東触464 150 名神論社 無格社 月讀神社（つきよみじんじゃ）は、長崎県壱岐市芦辺町国分東触に鎮座する神社である。橘三喜により延喜式内社（名神大社）と査定されたが疑わしい。
長崎県護国神社 ながさきけんごこくじんじゃ 長崎県長崎市城栄町41-67 136 別表神社 全国護国神社会 長崎縣護國神社（ながさきけんごこくじんじゃ）は、長崎県長崎市にある神社（護国神社）である。明治維新から太平洋戦争（大東亜戦争）までの国難に殉じた長崎県関係の護国の英霊約6万柱を祀る。thumb
大村神社 おおむらじんじゃ 長崎県大村市玖島1丁目34 112 県社 大村神社（おおむらじんじゃ）は長崎県大村市の神社。大村藩の居城であった玖島城の本丸跡に鎮座する。旧社格は県社。江戸時代後期から明治時代初期に流行した藩祖を祀った神社のひとつ。
海神神社 かいじんじんじゃ 長崎県対馬市峰町木坂247 104 名神大社 国幣中社 別表神社 諸国一宮 海神神社（かいじんじんじゃ）は、長崎県対馬市にある神社。式内社（名神大社）論社、対馬国一宮。旧社格は国幣中社で、現在は神社本庁の別表神社。式内名神大社の「和多都美神社」、同「和多都美御子神社」、式内国幣小社の「胡禄神社」、同「胡禄御子神社」の論社である（いずれも複数の論社がある）。
飯盛神社(佐世保市) いいもりじんじゃ 長崎県佐世保市相浦町2371 89 郷社 飯盛神社（いいもりじんじゃ）は、長崎県佐世保市に鎮座する神社である。 佐世保市西部、相浦の市街地に愛宕山を背に南面して鎮座する。旧社格は郷社。
小茂田浜神社 こもだはまじんじゃ 対馬市厳原町小茂田742番地 86 県社 小茂田浜神社（こもだはまじんじゃ）は、長崎県対馬市厳原に鎮座する神社である。対馬西南海岸に位置し、元寇（文永の役）の際に元・高麗連合軍が上陸した地にあたる。
聖母宮 しょうもぐう 長崎県壱岐市勝本町勝本浦554-2 80 名神大社 郷社 聖母宮（しょうもぐう）は、長崎県壱岐市勝本町勝本浦に鎮座する神社。『延喜式神名帳』に載せる壱岐島壱岐郡の名神大社、「中津神社」の有力論社であるが、現在その社名の別神社（中津神社）が存在している。
天手長男神社 あめのたながおじんじゃ、あまのたながおじんじゃ 長崎県壱岐市郷ノ浦町田中触730 48 名神論社 村社 諸国一宮 天手長男神社（あめのたながおじんじゃ、あまのたながおじんじゃ）は、長崎県壱岐市にある神社。式内社（名神大社）論社、壱岐国一宮後継社で、旧社格は村社。『延喜式神名帳』に載る式内名神大社で壱岐国一宮の天手長男神社に比定されているが確証は薄い（後述）。
太祝詞神社 ふとのりとじんじゃ 長崎県対馬市美津島町加志512 5 名神大社 県社 太祝詞神社（ふとのりとじんじゃ）は、長崎県対馬市美津島町加志に鎮座する神社である。旧県社で、かつては加志大明神・賀志宮とも称した。
沖ノ神島神社 おきのこうじまじんじゃ 長崎県北松浦郡小値賀町野崎郷 4 郷社 沖ノ神島神社（沖ノ神嶋神社、神島（嶋）神社、おきのこうじまじんじゃ）は、長崎県北松浦郡小値賀町野崎郷（野崎島）にある神社。境内の奇岩「王位石」で知られる。島内北端、標高305mの山の中腹の斜面(標高200m超)に建てられ、五島列島に所在する神社では最古の1つとされる。旧社格は郷社。 野崎島では江戸時代末期に移住してきた隠れキリシタンを除くほとんどの島民が同社の氏子であり、非キリスト教徒集落の野崎集落では親家（おやけ）と称する神官家を中心として、住民が非常に強い絆で結ばれていた。神官家は、野崎島の各集落が島外へ移住した後も残り続け、同島が無人島になる前の最後の住人となった。 本来は、本社を沖津宮、前方湾を挟んで対岸の小値賀島（本島）前方郷にある地ノ神島神社を本宮（辺津宮）とし、2社を合わせた1社として神島神社（または神島宮）と呼ばれた。主祭神は神島大明神（鴨分一速王命）で、志自岐大明神（十城別王命）と七郎大明神（七郎氏廣王）を併祭する。なお、十城別王命は、長崎県本土唯一の式内社として高い格式をもっていた'志自岐神社'（平戸島）の主祭神であり、鴨分一速王命の兄とされる。また、七郎氏廣王は二人の部下と伝える。
鎮西大社諏訪神社（ちんぜいたいしゃすわじんじゃ）は、長崎県長崎市にある神社。現在の正式名称は諏訪神社であり、鎮西大社は通称。地元では「お諏訪さま」、「おすわさん」と呼ばれる。10月7日〜9日の例祭は長崎くんちとして有名である。