出水神社 いずみじんじゃ 熊本県熊本市中央区水前寺公園8-1 3.6k 県社 出水神社（いずみじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区の水前寺成趣園内にある神社である。熊本藩歴代藩主を祀る神社として、明治時代にかつての家臣らによって創建された。旧社格は県社。
阿蘇神社 あそじんじゃ 熊本県阿蘇市一の宮町宮地3083-1 3.4k 名神大社 官幣大社 別表神社 諸国一宮 一代一度大神宝奉献 阿蘇神社（あそじんじゃ）は、熊本県阿蘇市にある神社。式内社（名神大社）、肥後国一宮。旧社格は官幣大社で、現在は神社本庁の別表神社。全国に約450社ある「阿蘇神社」の総本社である。古くは「阿蘓神社」とも記されていた（現在も銘板が存在）。
加藤神社 かとうじんじゃ 熊本県熊本市中央区本丸2-1 1.4k 県社 加藤神社（かとうじんじゃ）は、熊本県熊本市の熊本城内にある神社である。正月三が日の参拝者数は年々増加しており、藤崎八旛宮に匹敵する人数となっている。
青井阿蘇神社 あおいあそじんじゃ 熊本県人吉市上青井町118 1.3k 県社 別表神社 青井阿蘇神社（あおいあそじんじゃ）は、熊本県人吉市にある神社である。旧社格は県社で、現在は神社本庁の別表神社。地元では親しみを込めて「青井さん」と称されている。本殿始め5棟が国宝建造物。
上色見熊野座神社 かみしきみくまのいますじんじゃ 熊本県阿蘇郡高森町上色見２６１９ 1.2k 『上色見熊野座神社』は、高森町の四大熊野座神社の一。 国産みの神である伊邪那岐命（イザナギノミコト）、伊邪那美命（イザナミノミコト）を祀るお社で、地元では「権現さん」と呼ばれ親しまれている。
幣立神社 へいたてじんじゃ 熊本県上益城郡山都町大野712 1.1k 郷社 幣立神社（へいたてじんじゃ）、幣立神宮（へいたてじんぐう）は、熊本県上益城郡山都町に鎮座する神社である。日の宮（ひのみや）ともいう。旧社格は郷社。
健軍神社 けんぐんじんじゃ 熊本県熊本市東区健軍本町13-1 944 郷社 健軍神社（けんぐんじんじゃ）は、熊本県熊本市東区にある神社である。阿蘇神社（阿蘇市）、甲佐神社（こうさじんじゃ、甲佐町）、郡浦神社（こうのうらじんじゃ、宇城市）と共に阿蘇四社とも称せられる。
熊本城稲荷神社 くまもとじょういなりじんじゃ 熊本県熊本市中央区本丸3-13 838 無格社 熊本城稲荷神社（くまもとじょういなりじんじゃ）は、熊本県熊本市にある神社。通称「白髭さん」。 熊本城東側の市街地付近に位置し、北隣に熊本大神宮がある。本殿の背後には熊本城本丸の石垣がそびえている。
藤崎八旛宮 ふじさきはちまんぐう 熊本県熊本市中央区井川淵町 553 国幣小社 別表神社 藤崎八旛宮（ふじさきはちまんぐう）は、熊本県熊本市中央区にある神社である。旧社格は国幣小社。熊本市域の総鎮守として信仰を集める。応神天皇を主祭神とし、神功皇后・住吉三神を相殿に祀る。社名は「幡」ではなく「旛」と書く。これは天文11年（1548年）の後奈良天皇宸筆の勅額に基づくものである。
菊池神社 きくちじんじゃ 熊本県菊池市隈府1257 437 別格官幣社 別表神社 建武中興十五社 菊池神社（きくちじんじゃ）は、熊本県菊池市に鎮座する神社である。南北朝時代に南朝側で戦った菊池氏の3代を祭る。建武中興十五社のうちの一社である。旧社格は別格官幣社で現在神社本庁の別表神社。境内に菊池歴史館があり、菊池千本槍など菊池氏500年の歴史の遺物が展示されている。桜の名所としても知られている。
八代神社 やつしろじんじゃ 熊本県八代市妙見町405 352 県社 八代神社（やつしろじんじゃ）は、熊本県八代市妙見町にある神社である。妙見宮（みょうけんぐう）、妙見さん。旧社格は県社。上宮、中宮、下宮の三宮からなるが、現在は下宮が本宮である。福島の相馬妙見、大阪の能勢妙見と並んで、日本三大妙見の一つといわれる。
高橋稲荷神社 たかはしいなりじんじゃ 熊本県熊本市西区上代九丁目6-20 337 無格社 別表神社 高橋稲荷神社（たかはしいいなりじんじゃ）は、熊本県熊本市西区にある神社である。九州三稲荷の一や、日本五大稲荷の一とされる。また、阿蘇神社、出水神社とともに熊本県三大神社の一つとされている。2月初午の初午大祭には、多くの人が参詣する。
浮島神社(嘉島町) うきしまじんじゃ 熊本県上益城郡嘉島町井寺2827 307 村社 浮島神社（うきしまじんじゃ）は熊本県上益城郡嘉島町にある夫婦神を祀った神社。 正式名称は「浮島熊野坐神社」（うきしまくまのますじんじゃ）。地元では親しみを込めて「浮島さん」と呼ばれている。正確には島ではなく、半島のように池に突き出た部分に神社が鎮座しており、対岸から眺めると浮島のように見え、厳島神社を髣髴とさせる。また、周囲は「浮島周辺水辺公園」として整備されている。
北岡神社 きたおかじんじゃ 熊本市西区春日1丁目8-16 286 県社 北岡神社（きたおかじんじゃ）は、熊本県熊本市西区春日1丁目に鎮座する神社である。平安時代に京都の祇園社の分霊を勧請して創建されたと伝わり、熊本市域においては藤崎八旛宮と並ぶ由緒を持つ古社である。旧社格は県社。祇園社、祇園宮（ぎおんぐう）と称されていたが、1868年（明治元年）に神仏混交禁止を受けて北岡宮に、さらに1872年（明治4年）に現在の名称に改められた。東側200メートルほど離れた坪井川に架かる祗園橋と熊本市電の祗園橋停留場に旧社名の名残をとどめている。
神龍八大龍王神社 しんりゅうはちだいりゅうおうじんじゃ 熊本県菊池市龍門６４３ 279 ここに祭られている龍神八大龍王様は宇宙最高位の神であり、今から約三百八十年前即ち天正三年（暦１５７５年）旧五月六日世界平和を祈念され、此の地に天下られる。其の以前、約千五百年の長きに亘り身を修められ、王位四百五十年に及び通して約弐千五百年の久しきに亘り神の道を経給う。我が国に於いて唯一ケ所にて、その神力を尊きこと只感嘆の外なし御参詣の皆様には「おんめいきやしやにえいそわか」を唱え真心をだせよ、真ありてこそ神に通ずると申されてあります。世の一切の苦難・病難・願望・悩みごと・すべての人の幸を誘いていただけます。ここに光明を求むる人々のために記するものなり。
熊本県護国神社 くまもとけんごこくじんじゃ 熊本県熊本市中央区宮内3-1 266 別表神社 全国護国神社会 熊本県護国神社（くまもとけんごこくじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区にある神社（護国神社）である。
国造神社 こくぞうじんじゃ、くにのみやつこじんじゃ 熊本県阿蘇市一の宮町手野2100 233 式内小社 県社 国造神社（こくぞう じんじゃ、くにのみやつこ じんじゃ）は、熊本県阿蘇市一の宮町手野に鎮座する神社である。旧官幣大社阿蘇神社の北方に鎮座するため、北宮と称される。延喜式内社で、旧社格は県社。
草部吉見神社 くさかべよしみじんじゃ 熊本県阿蘇郡高森町草部2175 172 郷社 草部吉見神社（くさかべよしみじんじゃ）は、熊本県阿蘇郡高森町に鎮座する神社である。旧社格は郷社。日本三大下り宮の一社。
別所琴平神社 べっしょことひらじんじゃ 熊本市中央区琴平本町12-27 163 村社 別所琴平神社（べっしょことひらじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区に鎮座する神社である。通称は別所のこんぴらさん。旧社格は村社。
本渡諏訪神社 ほんどすわじんじゃ 熊本県天草市諏訪町8-3 162 県社 本渡諏訪神社（ほんどすわじんじゃ）は、熊本県天草市にある神社。二度に亘る元寇の折、本渡城主の天草大夫大蔵太子（あまくさだゆうおおくらふとこ）という女傑が水軍を率いて出陣し、諏訪大明神の御加護により戦功をいただいた神恩に感謝し、弘安6年（1283年）8月1日、天草氏領土内の総鎮守として諏訪大社より御分霊を奉じた神社である。
弓削神社(熊本市) ゆげじんじゃ 熊本県熊本市北区龍田町弓削489 120 村社 弓削神社（ゆげじんじゃ）は熊本県熊本市にある神社。白川右岸の龍田町弓削に鎮座するが、対岸の上弓削神社とともに弓削神社と総称される場合もある。「ホウオウさん」と通称され、弓削神宮とも称する。 川を挟んで二座の弓削神社が鎮座する形式は、当社以外にも八尾市の弓削神社（長瀬川）、久留米市の弓削神社（筑後川）等があるが、関連は不明である。
熊本大神宮 くまもとだいじんぐう 熊本県熊本市中央区本丸3-5 100 熊本大神宮（くまもとだいじんぐう）は、熊本県熊本市にある神社。熊本城東側に位置し、南隣に熊本城稲荷神社がある。本殿向かって左側には熊本城本丸の石垣がそびえている。
市房山神宮里宮 いちふさやまじんぐうさとみや 熊本県球磨郡湯前町下城 64 市房山神宮里宮は湯前城跡に鎮座する神社。 本宮は市房山四合目に鎮座しその里宮として昭和9年に再建された。 縁結びの神様として名高い。
甲斐神社(嘉島町) かいじんじゃ 熊本県上益城郡嘉島町上六嘉2242 57 無格社 甲斐神社（かいじんじゃ）は、熊本県上益城郡嘉島町上六嘉にある神社で、 郷土の武将甲斐宗立・甲斐宗運公を祭神とする神社であるが、宗立公を手足の神様である足手荒神として祀った神社として有名で、九州各地にある足手荒神信仰の総本社である。六嘉村大字上六嘉字中郡にあったことから、中郡甲斐神社という通称は足手荒神。足手荒神社ともいう。中郡甲斐神社という神社名は戦後、神社本庁の被包括宗教法人として昭和28年に宗教法人成立の際に当時の代表役員によってつけられた宗教法人上の神社名であり、正式な神社名は甲斐神社である。 手足の神様として篤く信仰されていることから、主に手足の病気平癒、運動選手等による無病息災、交通安全の参拝が多い。
﨑津諏訪神社 さきつすわじんじゃ 熊本県天草市河浦町﨑津505 52 大漁、海上安全祈願のため、1647年に創建されたとされます。日本の伝統宗教と潜伏キリシタンの共存という独特の文化的伝統をあらわしている。1805年の潜伏キリシタン発覚事件「天草あまくさ崩れ」の際、信徒たちが所有していた信心具を差し出すよう指定された場所でもあります。
松橋神社 まつばせじんじゃ 熊本県宇城市松橋町松橋1218 46 村社 松橋神社（まつばせじんじゃ）は、熊本県宇城市松橋町松橋にある神社である。松橋熊野宮（まつばせくまのぐう）、松橋権現社（まつばせごんげんしゃ）とも称する。旧社格は村社。
本村神社(熊本市) もとむらじんじゃ 熊本県熊本市中央区大江本町7-1 45 村社 本村神社（もとむらじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区大江本町にある神社である。日本で唯一、味噌に対する利益があるとされることから味噌天神（みそてんじん）と俗称される。
上弓削神社 かみゆげじんじゃ 熊本県熊本市東区弓削町258 30 村社 上弓削神社（かみゆげじんじゃ）は熊本県熊本市にある神社。白川左岸の弓削町に鎮座するが、対岸の弓削神社とともに弓削神社と総称される場合もある。弓削法皇社とも。
山田大王神社 やまだだいおうじんじゃ 熊本県球磨郡山江村山田甲1514 28 相良氏が滅ぼした山田村の地頭であった平河氏の怨霊鎮魂のために建てられた神社。 本殿は天文１５年（１５４６年）、拝殿及び神供所は宝暦１１年（１６７１年）、本殿覆屋は安永１０年（１７８１年）、鳥居は延享２年（１７４年）の建立。南九州地方のなかでも中世にさかのぼる数少ない建築で、保存状態も良い。国指定の重要文化財。
郡浦神社 こうのうらじんじゃ、こおのうらじんじゃ 熊本県宇城市三角町郡浦2666 20 郷社 郡浦神社（こうのうらじんじゃ、こおのうらじんじゃ）は、熊本県宇城市三角町郡浦にある神社である。肥後国三宮と伝える。旧社格は郷社。
宮地神社(七所宮) みやじじんじゃ 熊本市南区城南町宮地935 16 郷社 宮地神社（みやじじんじゃ）は、熊本県熊本市南区城南町に鎮座する神社である。通称 七所宮 （しちしょうぐう）として知られる。旧社格は郷社。
出水神社（いずみじんじゃ）は、熊本県熊本市中央区の水前寺成趣園内にある神社である。熊本藩歴代藩主を祀る神社として、明治時代にかつての家臣らによって創建された。旧社格は県社。